Dia pun menegaskan, sebelum Belanda pulang ke negaranya, kapalnya akan terus berlayar. John Lie resmi meninggalkan The Outlaw pada 30 September 1949. Setelah itu, dia masih terlibat dalam penumpasan DI/TII Kartosuwiryo, RMS, dan PRRI-Permesta.
Suami dari Pendeta Margaretha Dharma Angkuw ini meninggal dunia pada 27 Agustus 1988 dan dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta. Sementara istrinya meninggal pada 31 Oktober 2015.
Pada 14 Desember 2014, Pemerintah RI memberikan nama salah satu kapal perang RI, KRI John Lie dengan nomor lambung 358.
Sumber:
Iwan Santosa, Tionghoa Dalam Sejarah Kemiliteran sejak Nusantara sampai Indonesia, Jakarta: Penerbit Buku Kompas, 2014.
Junus Jahja, Peranakan Idealis dari Lie Eng Hok sampai Teguh Karya, Jakarta: Penerbit Buku Kepustakaan Populer Gramedia (KPG), 2002.
Roy Rowan, artikel berjudul “Guns-Bibles-are Smuggled to Indonesia”, Majalah Life edisi 26 September 1949.