Benih OPM muncul setelah Operasi Trikora dan Perjanjian New York. Masyarakat pro kemerdekaan Papua menyatakan, bahwa Indonesia merebut kemerdekaan Papua. OPM mulai digagas pada 1963 dan secara resmi terbentuk pada 1965 di Ayamaru.
Nicolaas Jouwe dan dua komandan OPM, Seth Jafeth Roemkorem dan Jacob Hendrik Prai, berencana mendeklarasikan kemerdekaan Papua pada 1971. Seth Jafeth Rumkorem dan Jacob Prai mendeklarasikan Republik Papua Barat dan merancang konstitusi.
Jauh sebelumnya, organisasi ini awalnya merupakan gerakan spiritual kargoisme, kelompok kebatinan yang menggabungkan kepercayaan adat dan Kristen yang dibentuk oleh Kepala Distrik Demta, Aser Demotekay.
Walau begitu pihak Aser kooperatif dengan pemerintah Indonesia dan melarang kekerasan. Namun pengikut Aser, Jacob Prai melanjutkan gerakan tersebut dengan kekerasan, perlawanan bersenjata.
Kelompok kedua berasal dari Manokwari pada 1964 yang dipimpin oleh Terianus Aronggear. Dia mendirikan 'Organisasi Perjuangan Menuju Kemerdekaan Negara Papua Barat'. Organisasi ini juga bergerak secara klandestin.