Pada 21 Januari 2012, orang-orang bersenjata yang diduga anggota OPM menembak mati warga sipil. Korban adalah transmigran asal Sumatera Barat.
Pada 8 Januari 2012, OPM melancarkan serangan ke bus umum yang mengakibatkan 3 warga sipil dan 1 anggota TNI tewas. Sedangkan 4 orang lain di dalam bus, cedera.
Pada 8 April 2012, OPM menyerang pesawat sipil Trigana Air setelah mendarat yang akan parkir di Bandara Mulia, Puncak Jaya, Papua. Lima anggota OPM bersenjata melepaskan tembakan yang mengakibatkan pesawat kehilangan kendali dan menabrak sebuah bangunan.
Satu orang tewas, yaitu Leiron Kogoya, seorang jurnalis Papua Pos yang mengalami luka tembak di leher. Pilot Beby Astek dan Kopilot Willy Resubun terluka akibat pecahan peluru.
Yanti Korwa, seorang ibu rumah tangga, terluka di lengan kanan dan anaknya yang berusia 4 tahun, Pako Korwa, terluka di tangan kiri.
Kemudian, 1 Juli 2012, patroli keamanan rutin diserang OPM mengakibatkan seorang warga sipil tewas. Korban adalah kepala desa setempat yang ditembak di bagian kepala dan perut. Seorang anggota TNI terluka oleh pecahan kaca.
Pada 9 Juli 2012, tiga orang diserang dan tewas di Paniai, Papua. Salah satu korban adalah anggota TNI. Dua lainnya adalah warga sipil, termasuk bocah berusia 8 tahun. Bocah tersebut ditemukan dengan luka tusuk di dada.