Duet keduanya dalam serangan udara sempat menghancurkan obyek-obyek militer milik TNI di kawasan lapangan terbang Ambon. Dalam penggeledahan sekaligus interogasi itu TNI mengembalikan dompet berisi uang dan foto istri Allan Pope.
Penangkapan Allan Pope sebagai agen CIA langsung dilaporkan Jakarta. Namun Pemerintahan Soekarno tidak segera mengumumkan dengan pertimbangan operasi Morotai masih perlu dirahasiakan.
Pengadilan RI kemudian menjatuhi vonis hukuman mati kepada Allan Pope dan hukuman 15 tahun penjara kepada Harry Rantung. Pemerintah Amerika Serikat langsung turun tangan.
Amerika Serikat berusaha keras melobi Bung Karno agar vonis mati terhadap Allan Pope, dibatalkan. Jaksa Agung Amerika Serikat, Robert Kennedy bahkan diutus ke Jakarta menemui Bung Karno.
Kennedy membawa surat Presiden Dwight D. Eisenhower yang intinya meminta kebijaksanaan Presiden Soekarno, agar Allan Pope bebas. Istri Allan yang cantik juga diterbangkan dari Amerika untuk secara khusus menemui Bung Karno.