Setelah mengetahui jawaban dari latar belakang terjadinya pemberontakan PRRI, ketahui juga ultimatum PRRI, yakni pada 10 Februari 1958, Kolonel Achmad Husein berpidato dalam rapat besar di Padang mengultimatum pemerintah seperti berikut:
-Dalam waktu 5 x 24 jam, Kabinet Djuanda harus menyerahkan mandat kepada presiden atau presiden mencabut mandat Kabinet Djuanda.
-Presiden menugasi Drs Mohammad hatta dan Sri Sultan Hamengkubuwono IX untuk membentuk Zaken Kabinet.
-Meminta kepada presiden supaya kembali kepada kedudukannya sebagai presiden konstitusional.
Pada 11 Februari 1957, Dewan Menteri mengadakan sidang untuk membahas ultimatum tersebut dan memutuskan untuk memecat dengan tidak hormat tokoh-tokoh PRRI ang terlibat di dalamnya, seperti Letnan Kolonel Achmad Husein, Kolonel Zulkifli Lubis, Kolonel Dahlan Djambek, dan Kolonel M. Simbolon.
Komando daerah militer Sumatera Tengah kemudian dibekukan dan ditempatkan langsung di Bawah KASAD