Sementara karena takut oleh tekanan Belanda, Sultan HB II yang juga mertua Raden Ronggo III memutuskan meringkus menantunya tersebut. Raden Ronggo III telah dicap sebagai pemberontak.
Disokong oleh Belanda, Sultan HB II mengirimkan dekrit kepada seluruh Bupati Monconegoro bagian timur untuk menangkap Raden Ronggo Prawirodirjo III hidup atau mati.
Pada 17 Desember 1810. Dalam pertempuran di Desa Sekaran, tepi Bengawan Solo wilayah Bojonegoro, Raden Ronggo Prawirodirjo III orang kepercayaannya, yakni Bupati Jipang-Kepadangan terbunuh.
Jenazah keduanya dibawa ke Yogyakarta dan dipertontonkan kepada masyarakat. Keduanya dimakamkan di permakaman Banyusumurup, yakni dekat Imogiri yang dikenal sebagai makam bagi mereka yang berani menentang raja.
Kelak, menantu Raden Ronggo Prawirodirjo III, yakni Pangeran Diponegoro dan putranya dari istri selir, yakni Sentot Alibasah Prawirodirjo memimpin Perang Jawa (1825-1830) melawan kolonial Belanda.