Selain itu, pengurus ponpes harus menyediakan media sosialisasi terkait protokol kesehatan, secara rutin menjaga kebersihan fasilitas di ponpes, dan membuat surat pernyataan kesanggupan memenuhi protokol kesehatan yang ditujukan kepada bupati/wali kota masing-masing.
Bagi kiai, santri, asatidz, dan pihak lain yang masuk ke pesantren harus menaati protokol umum dan menunjukkan surat keterangan sehat dari Dinas Kesehatan atau Puskesmas asal. Sebelum beraktivitas di ponpes, mereka juga harus melakukan isolasi selama 14 hari di ponpes tersebut.
Di tempat ibadah, protokol yang harus dijalani bagi pengurus, yakni tidak menggunakan karpet/sajadah, mukena, dan sarung umum. Saat salat, jamaah pun harus menjaga jarak minimal 1 meter serta menghindari kontak fisik.
Pun di tempat belajar/kelas, jaga jarak minimal 1 meter harus dipenuhi. Selain itu, metode tugas kelompok, praktek olahraga, dan penggunaan sarana prasarana yang digunakan bersama-sama ditiadakan.
Sementara di kobong atau tempat santri menginap, yang harus ditaati selain protokol umum adalah tidak berbagi kasur antara para santri, melarang santri berbagi makanan dan minuman bekas pakai, dan melarang santri menggunakan pakaian, perlengkapan mandi, ibadah, dan alat makan secara bersama-sama.