Dua akar keluarga tersebut membentuk lingkungan pesantren, keilmuan, dan pengabdian yang kuat sejak masa kecilnya.
Ayahnya, KH Muqarrabin, merupakan santri Pesantren Tebuireng yang belajar pada masa kepemimpinan putra Hadratussyekh KH Hasyim Asy’ari, KH Abdul Kholik Hasyim atau Gus Kholik.
Dari sang ayah, KH Zulfa mulai mempelajari dasar-dasar agama dan kitab-kitab kecil. Ia juga kerap diajak menghadiri berbagai majelis ilmu di kawasan Jakarta Utara. Majelis-majelis tersebut kemudian dilanjutkannya sebagai bagian dari pengabdian kepada masyarakat.
Perjalanan keilmuan KH Zulfa berlanjut di lingkungan pesantren salaf Kajen, Margoyoso, Pati, Jawa Tengah.
Di kawasan pesantren tersebut, dia berguru kepada sejumlah ulama besar, termasuk KH MA Sahal Mahfudh dan KH Rifa’i Nasuha.