Ketegangan antara VOC dan penguasa lokal terus meningkat hingga akhirnya pada 1619, Jan Pieterszoon Coen memimpin serangan terhadap Jayakarta. Kota lama dibakar dan dihancurkan. Di atas reruntuhannya, Belanda membangun kota baru bernama Batavia.
Nama Batavia diambil dari Batavieren, suku kuno yang dianggap nenek moyang bangsa Belanda.
Batavia dirancang menyerupai kota-kota di Eropa, terutama Amsterdam. Kanal-kanal digali membelah kota, sementara gudang rempah, kantor dagang, gereja, pasar, dan rumah pejabat VOC berdiri di sekitar pelabuhan.
Pada masa itu, Batavia dikenal sebagai kota perdagangan internasional yang sibuk sekaligus keras. Kapal dari berbagai penjuru dunia datang membawa gula, kopi, teh, kayu dan tekstil.
Namun di balik kemegahannya, Batavia juga terkenal tidak sehat. Kanal-kanal yang dibangun ala Belanda menyebabkan air tergenang di iklim tropis. Wabah malaria dan penyakit tropis kerap menyerang penduduk.