Tak jauh dari Menara Syahbandar, rombongan Walk Indies kemudian berjalan menuju bangunan tua yang kini disebut Museum Bahari.
Di masa VOC, kompleks ini tentu saja bukan museum. Bangunan tersebut merupakan gudang penyimpanan rempah-rempah milik Belanda. Gudang dibangun bertahap sejak abad ke-17 dan digunakan untuk menyimpan lada, kopi, teh, pala, cengkih, hingga tekstil sebelum dikirim ke Eropa.
Arsitekturnya dibuat khas Eropa abad ke-17. Letaknya yang berada tepat di tepi pelabuhan membuat proses bongkar muat berlangsung cepat.
Di dalam museum, peserta tur menyaksikan miniatur kapal tradisional Nusantara, peta pelayaran kuno, hingga alat navigasi laut tempo dulu. Namun yang paling menarik justru suasana bangunannya sendiri. Balok kayu besar dan lorong panjang gudang menghadirkan bayangan tentang masa ketika Batavia menjadi pusat perdagangan rempah dunia.
Perjalanan tur kemudian berlanjut menuju sisa Tembok Kota Batavia di sekitar Kota Tua. Di tengah padatnya bangunan modern Jakarta, potongan tembok tua itu menjadi jejak samar kota kolonial yang dahulu dikelilingi benteng besar.