Denjaka terdiri dari satu markas zedenk detasemen, satu tim markas, satu tim teknik dan tiga tim tempur. Sebagai unsur pelaksana, prajurit Denjaka dituntut memiliki kesiapan operasional mobilitas kecepatan, kerahasiaan dan pendadakan yang tertinggi.
Berdasarkan peraturan Panglima TNI Nomor Perpang/77/X/2010 tentang Persetujuan dan Pengesahan Peningkatan kepangkatan dalam Jabatan di Lingkungan Korps Marinir diputuskan Komandan Denjaka berpangkat Kolonel. Sedikitnya Komandan Denjaka sudah berganti sebanyak 21 kali, dan yang terkini dipimpin Kolonel (Mar) Kresno Pratowo.
Beberapa Perwira Tinggi (Pati) sempat ditunjuk sebagai Komandan Denjaka, seperti Komandan Korps Marinir Mayjen TNI Mar Suhartono, Gubernur Angkatan Laut Mayjen TNI Mar Nur Alamsyah, dan Wadan Koopsus TNI Brigjen TNI Mar Supriyono.