Menurut Witono, hasil audit Badan Pemeriksaan Keuangan dan Pembangunan Perwakilan (BPKP) Papua tertanggal 27 Desember 2017, terungkap pengelolaan dana desa tahun 2016 di Kabupaten Tolikara terdapat kerugian negara sebesar Rp318.904.468.000.