Selain itu, pembelaan disampaikan tim penasihat hukum terdakwa dikoordinir Herman Koedoeboen. Dalam kesempatan itu terdakwa juga juga membacakan nota pembelaan tersendiri yang dibuat dengan tulisan tangan.
"Saya bersumpah bahwa pemberian dana kepada pihak ketiga atas kebijakan dan perintah Bupati MBD saat itu, namun JPU juga tidak menghadirkannya sebagai saksi bersama pihak ketiga yang menerima dana tersebut," kata terdakwa.
Karena awalnya perintah mencairkan uang Rp1,5 miliar tersebut ditolak terdakwa selaku Plt Sekda MBD, namun bupati saat itu menegaskan ini merupakan diskresi kepala daerah untuk kabupaten yang baru terbentuk dan kebijakan ini tidak bisa diadili.
Sebelumnya pada tahun anggaran 2017, Organisasi Perangkat Daerah (OPD) pada Setda Kabupaten MBD mengalokasikan dana perjalanan dinas yang terealisasi sebesar Rp10 miliar lebih. Tahun 2018, anggaran perjalanan dinas pada pos Setda sebesar Rp11 miliar.
Dana perjalanan dinas pada pos Setda tahun 2017 kemudian dicairkan Rp10,7 miliar, sedangkan untuk tahun anggaran 2018, dana perjalanan dinas Setda dicairkan Rp11.768.000.000.
Namun di tahun 2017, setelah saksi Johanes Zakarias melakukan pencairan dana, saksi menyimpannya pada kas Setda dan tidak membayarkannya kepada pelaku perjalanan dinas. Bahkan, sebagian dana malah diminta terdakwa Alfonsius Siamiloy bukan sebagai pembayaran perjalanan dinas terdakwa, namun dipakai untuk kepentingan pribadi.