Selain itu, situs sejarah yang ada di Trowulan yang hilang juga disebabkan karena adanya lahar yang menimbun keraton. Berbagai bencana alam setelahnya pun turut membuat Keraton Majapahit raib tak berbekas.
Meskipun tidak diketahui lokasinya secara pasti, catatan Prapanca dalam Kitab Negarakertagama pernah menggambarkan kemegahan Keraton Kerajaan Majapahit dengan cukup rinci. Istana kerajaan ini dikelilingi oleh dinding bata merah yang tinggi dan tebal.
Gerbang utama menuju istana terbuat dari besi berukir. Di depannya, didirikan bangunan yang luas untuk menjamu para tamu yang berasal dari pejabat negara atau sebagai balai untuk melaksanakan pertemuan tahunan.
Istana raja dibangun dengan batu bata dan tiang kayu besar yang diukir. Atapnya dihiasi oleh ornamen yang berasal dari tanah liat.
Pada bagian luar keraton, terdapat hunian para pemuka agama, anggota keluarga kerajaan, pejabat, dan bangsawan. Kediaman Mahapatih Gajah Mada berada di kompleks tersebut yang terpisah oleh lapangan yang sangat luas.