Sumur Doa merupakan bangunan yang menjulang tinggi yang berisi nama-nama korban tsunami Aceh yang di bagian atasnya terdapat lafadz Allah.
Dengan pencahayaan yang temaram, siapapun yang masuk ruangan itu bisa merenungi sekaligus mendoakan ratusan ribu warga Aceh yang meninggal dunia akibat tersapu tsunami.
"Dari semua bagian museum, ini adalah ruangan yang paling emosional buat saya," ungkap Kang Emil sambil meneteskan air mata.
"Ini tempat kita berdoa untuk korban-korban tsunami dan di atas ada lafadz Allah, artinya apapun yang terjadi harus tawakal," sambung dia.
Kang Emil pun mengakui, dalam proses penciptaan rancang bangun Museum Tsunami Aceh, dia banyak meneteskan air mata, termasuk saat mempresentasikan hasil rancangannya saat sayembara.