5. Jika terjadi pelanggaran terhadap keputusan bersama ini maka akan diberikan sanksi kepada pihak yang melanggar
a. Pemda memberikan sanksi kepada sekolah, pendidik dan atau tenaga kependidikan
b. Gubernur memberikan sanksi kepada bupati/walikota
c. Kemendikbud memberikan sanksi kepada sekolah terkait BOS dan bantuan pemerintah lainnya
Tindaklanjut atas pelanggaran akan dilaksanakan sesuai dengan mekanisme yang berlaku. Sementara itu Kementerian Agama melakukan pendampingan praktik agama yang moderat dan dapat memberikan pertimbangan untuk pemberian dan penghentian sanksi
6. Peserta didik, pendidik dan tenaga kependidikan beragama Islam di Provinsi Aceh dikecualikan dari Keputusan bersama ini sesuai dengan kekhususan Aceh berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.