Pemilihan presiden dan wakil presiden secara langsung oleh rakyat baru terlaksana pada pemilu tahun 2004. Dilaksanakan pada 5 Juli 2004, pemilu ini diikuti oleh 5 pasangan calon.
Masing-masing pasangan tersebut adalah Wiranto-Salahudin Wahid, Megawati Soekarnoputri-Ahmad Hasyim Muzadi, Amien Rais-Siswono Yudo Husodo, Susilo Bambang Yudhoyono-Muhammad Jusuf Kalla, dan Hamzah Haz-Agum Gumelar.
Pilpres 2004 harus digelar dua putaran lantaran dari lima pasangan tersebut tidak ada satu pun yang memperoleh suara hingga 50% pada putaran pertama. Pada putaran kedua ini, SBY-JK berhadapan dengan Megawati-Hasyim Muzadi.
Pilpres putaran kedua yang dilakukan pada 20 September 2004 menghasilkan kemenangan bagi pasangan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY)-Jusuf Kalla yang unggul dengan perolehan 60,62 persen (69.266.350 suara). Sementara, Megawati-Ahmad Hasyim Muzadi meraih 39,38 persen (44.990.704 suara).
Pada pemilu 2004, partai politik yang paling banyak menyedot suara masyarakat adalah Partai Golkar dengan 21,62 persen. Atau, ada sebanyak 128 kursi yang diraup oleh partai ini.
Di posisi ke-2, ditempati Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDIP) dengan jumlah suara sebanyak 18,31 persen atau sekitar 20 juta suara.