Atas perbuatannya, Rafael disangkakan melanggar Pasal 12B Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi sebagaimana telah diubah dengan Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 20 Tahun 2001.
KPK kemudian menemukan bukti permulaan yang cukup berkaitan dengan Tindak Pidana Pencucian Uang (TPPU) Rafael Alun. Rafael kembali ditetapkan sebagai tersangka. Kali ini, dia dijerat dengan pasal pencucian uang. Rafael diduga telah mencuci uang hasil korupsinya sebesar Rp94,6 miliar.