PSM kembali memuncaki Grup A pada babak 8 besar untuk terus melaju. Di semifinal, tim Juku Eja mengalahkan Persija 1-0, dan menang tipis 3-2 atas Pupuk Kaltim yang diperkuat Fakhri Husaini di final. Di akhir musim, Bima Sakti terpilih jadi pemain terbaik.
SOFYAN HADI (Persija – 2001)
Musim 2001, Persija yang diasuh Sofyan Hadi tampil memesona dengan pemain-pemain nomor wahid di Tanah Air seperti Bambang Pamungkas, Widodo C Putra, Gendut Doni, Imran Nahumarury, Luciano Leandro, Antonio Claudio, Nuralim, plus Mbeng Jean di bawah mistar gawang.
Hasilnya, Macan Kemayoran mampu finis di urutan kedua Wilayah Barat di bawah PSMS Medan, diikuti Persib Bandung, dan Persita Tangerang. Di Wilayah Timur, PSM yang ada di puncak diikuti Persebaya, Arema, dan Barito Putera.
Hegemoni Persija berlanjut dengan memuncaki Grup 2 di babak 8 besar. Kemudian, pasukan Sofyan Hadi sukses menggulung Persebaya di semifinal. Di final, Luciano dkk menggagalkan PSM mempertahankan gelarnya. Persija menang 3-2 lewat dua gol Bambang Pamungkas, dan satu dari Imran Nahumarury.
JAYA HARTONO (Persik – 2003)
Pada musim ini, Ligina tidak lagi menggunakan sistem pembagian wilayah barat dan timur serta sistem knockout stage (perempat final, semifinal, dan final). Sistem tersebut diganti dengan kompetisi penuh. Tim yang terus memuncaki klasemen sampai akhir musim berhak menjadi juara.