Pada 2005, Rexy tetap melanjutkan kariernya sebagai pelatih di Malaysia. Dia dipercaya untuk melatih tim ganda putra di BAM (Badminton Assosiation of Malaysia).
Beberapa pemain ganda putra hasil sentuhan Eky yang mampu menyabet gelar juara adalah Mohamad Zakry Latif/Mohamad Fairuzizuan dan Koo Kien Keat/Tan Boon Heong. Pasangan Zakry/Fairuz mampu menembus final Indonesia Open, sementara pasangan Koo/Tan berhasil pada kejuaraan Asian Games, Malaysia Super Series, All England, dan Swiss Super Series.
Setelah berkarir di Negeri Jiran, Rexy melanjutkan petualangannya menjadi pelatih di Filipina pada 2011, tetapi tidak bertahan lama. Dia memutuskan kembali ke Indonesia dan menerima tawaran eks Ketum Persatuan Bulu tangkis Seluruh Indonesia (PBSI), Gita Wirjawan, untuk menjadi Kepala Bidang Pembinaan dan Prestasi (Kabid Binpres) PBSI.
Di Indonesia, Rexy juga berhasil membawa tim Piala Thomas lolos ke final pada 2016. Puncak kariernya saat menjabat sebagai Kabid Binpres PBSI yakni saat Indonesia meraih medali emas Olimpiade Rio 2016 lewat pasangan ganda campuran Tontowi Ahmad/Liliyana Natsir.
Rexy kemudian resmi ditunjuk menjadi pelatih Thailand pada Januari 2017. Dia membawa Negeri Gajah Putih itu menjadi runner-up pada Piala Uber 2018 yang digelar di Bangkok, Thailand.
Kantaphon Wangcharoen menjadi tunggal putra pertama Thailand yang memenangi medali perunggu pada Kejuaraan Dunia 2019 di Basel, Swiss. Sementara itu, Dechapol Puavaranukroh/Sapsiree Taerattanachai juga menjadi pasangan ganda campuran Thailand pertama yang mencapai final pada kejuaraan dunia.
Rexy masih menjadi pelatih Thailand sampai saat ini. Walaupun dia sempat mengatakan keinginannya untuk kembali melatih di Malaysia dan tidak melanjutkan kontraknya dengan Thailand.