Kemudian, dia kembali ke Irak dan masuk ke sekolah al-Kazimiyah sebelum akhirnya memutuskan tinggal di Kairo. Di Kairo, Al-Qasimi belajar di Universitas Al-Azhar pada tahun 1927.
Selama menjadi mahasiswa di Mesir, dia menulis berbagai buku. Salah satu tulisannya yang cukup populer adalah buku berjudul ‘As-Shira Baini al-Islam wa al-Watsaniyyah’ yang berarti Peperangan antara Islam dan Pemuja Berhala.
Buku tersebut mendapat banyak pujian, salah satunya dari guru Al-Qasimi sendiri, yaitu Syekh Shali Munajid yang mengatakan bahwa Al-Qasimi dengan bukunya tersebut sudah membayar mahar untuk masuk surga.
Namun, selain itu dia juga menulis beberapa buku kontroversial yang menyinggung para ulama di Al-Azhar. Hal tersebut membuatnya diusir dari universitas tersebut.
Setelah kejadian itu, Al Qasimi mengubah cara pandangnya. Dilansir situs Alarabiya News, dia merubah pandangannya sampai dicap sebagai ateis. Transformasi radikalnya dari pendukung salafisme menjadi ateis yang mengadopsi ideologi dan pemikiran bebas, membuatnya banyak dihujat oleh orang lain.