Mulai dari angkutan manusia, hasil tambang seperti batu bara, minyak dan komoditas lainnya. Di Sungai Musi terdapat pelabuhan yang cukup sibuk yakni Pelabuhan Boombaru yang dikelola PT Pelindo II.
Pada zaman Kerajaan Sriwijaya (abad ke-6 hingga abad ke-12) yang dikenal sebagai kerajaan maritim dengan armada laut yang kuat mengandalkan Sungai Musi sebagai sarana transportasi utama. Sriwijaya konon membangun permukiman dan taman di pinggir Sungai Musi yang kini menjadi Taman Purbakala Kerajaan Sriwijata (TPKS) di Gandus Palembang.
Di tempat ini terdapat kanal-kanal yang diyakini tempat bersandarnya kapal-kapal milik pasukan dan petinggi Sriwijaya.
Dalam perkembangannya hingga di masa Kesultanan Palembang dan kolonial, Sungai Musi semakin terkenal karena para pedagang dari China dan Timur Tengah berdatangan dengan tujuan belajar dan berdagang. Hal itu terbukti banyaknya penemuan benda bersejarah di dasar Sungai Musi.
Terdapat beberapa kelompok masyarakat di Palembang yang mencari harta karun di dasar Sungai Musi hingga saat ini.