1. September 2007, Munarman pernah ditahan di Polsek Metro Limo, Depok dan menjadi tersangka kasus perampasan kunci kontak, SIM dan STNK sopir taksi Blue Bird dengan pasal 335 KUHP tentang perbuatan yang tidak menyenangkan, dan pasal 368 KUHP tentang perampasan.
2. Juni 2008, Munarman menjadi salah seorang penentang keberadaan Ahmadiyah di Indonesia bersama beberapa tokoh-tokoh Islam lainnya yang ada di Indonesia. Selain itu, dia juga terkait dalam Insiden Monas 1 Juni 2008 terkait dengan penyerangan dan kekerasan yang dilakukan oleh FPI dan Laskar Islam terhadap massa AKK-BB, sekitar 500 orang memukuli peserta apel akbar AKK-BB dan merusak kendaraan bermotor di monas.
3. November 2012, Munarman dikeroyok dua orang lantaran membunyikan klakson berkali-kali di tengah kemacetan saat keluar dari kediamannya di kawasan Pondok Cabe.
4. 28 Juni 2013, ketika tampil dalam acara Live di salah satu stasiun televisi yang membahas tentang pembatasan jam malam tempat hiburan di Jakarta, Munarman menyiram muka Sosiolog UI Tamrin Tomagola dengan segelas teh setelah terjadi silang pendapat antara keduanya.
5. Februari 2021, beredar video yang memperlihatkan bahwa Munarman berbaiat kepada ISIS.