Kemudian, Munarman menjadi Koordinator KontraS Aceh pada tahun 1999-2000. Pada bulan September 2002, Munarman terpilih sebagai Ketua Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI) setelah YLBHI mengalami kekosongan kepemimpinan selama sembilan bulan.
Jabatannya sebagai Ketua YLBHI terhenti pada tahun 2006 setelah digantikan oleh Patra M Zen sebagai Ketua Umum Yayasan Lembaga bantuan Hukum Indonesia untuk periode 2006-2011.
Munarman sempat disebut terlibat sebagai tokoh Hizbut Tahrir Indonesia (HTI) pada tahun 2006. Sehingga pada Juni 2006, Munarman dipecat sebagai Ketua Dewan Pengurus YLBHI Indonesia. Namun dirinya melawan dan berjanji tidak akan mundur.
Selanjutnya, pada bulan April 2008 Munarman menjabat sebagai Ketua dari An Nashr Institut. Dan pada Januari 2013, Munarman dicalonkan oleh Suryadharma Ali, Ketua Umum PPP saat itu sebagai kandidat legislatif.
Tidak hanya itu, Munarman juga kerap menjadi sorotan dengan beberapa kontroversi yang pernah dia lakukan, antara lain: