Waruga didesain menyerupai kotak berongga dengan disertai penutup berbentuk segitiga di atasnya. Selain itu, terdapat ukiran di bagian penutup yang menggambarkan profesi jenazah saat masih hidup.
Di dalam makam tersebut, terdapat satu atau lebih jenazah yang disemayamkan. Jumlah jenazah bisa dilihat dari ukiran garis di bagian penutup Waruga.
Tak berhenti di situ, jenazah di dalam Waruga juga ada yang dikubur bersama harta benda yang dimilikinya. Harta benda yang dimaksud bisa berupa piring, gelas, dan perkakas lainnya yang ditaruh di dalam lemari kaca atau bahkan rumah panggung khas Minahasa yang diletakkan di sebelah makam.
Uniknya lagi, jenazah yang dikubur di dalam Waruga tidak diposisikan terlentang. Tubuh mayat justru diletakkan dalam kondisi tumit bersentuhan dengan pantat lalu mulut seolah mencium lutut.
Jika diamati, posisi jenazah di Waruga tersebut menyerupai bayi yang ada di dalam rahim ibu. Filosofi dari posisi ini berarti manusia akan mengakhiri hidup seperti pada posisi ia mengawali kehidupan.