Setelah di posisikan sedemikian rupa, jenazah akan dihadapkan ke arah utara di dalam Waruga. Hal itu ternyata merupakan penanda bahwa nenek moyang suku Minahasa berasal dari utara.
Dulunya, tradisi pemakaman Waruga ini hanya diperuntukkan bagi orang-orang yang memiliki status sosial yang tinggi. Namun seiring berkembangnya zaman, semua orang bisa menggunakan Waruga.
Hanya saja, pemerintah kolonial Belanda sempat melarang tradisi pemakaman ini karena dikhawatirkan penyakit yang dimiliki jenazah akan menyebar luas melalui celah kotak dari Waruga. Sebagai informasi, pelarangan tersebut bertepatan dengan berkembangnya wabah pes, tipus, dan kolera.
Dengan datangnya Belanda pula, tradisi pemakaman Waruga mulai terkikis secara perlahan. Kristenisasi menyebabkan orang-orang Minahasa mulai menguburkan jenazah di dalam tanah.