Tahun 1946 Dr Ratulangi dengan stafnya di penjarakan di Makasar lalu di buang ke Serui, di Pulau japen, dekat Irian Jaya (sekarang Papua). Penduduk Serui menamakan Dr Ratulangi beserta stafnya 'Tuan-tuan Merdeka'. Di Serui, mereka berinteraksi dengan masyarakat setempat dengan mendirikan sekolah lokal dan organisasi sosial untuk membantu para wanita dalam komunitas.
Secara politik, Ratulangi terlibat dalam pembentukan Partai Kemerdekaan Irian Indonesia yang dipimpin oleh Silas Papare dengan Ratulangi sebagai penasihat.
Pada 23 Maret 1948, setelah penandatanganan Perjanjian Renville, Belanda melepaskan Ratulangi dan rekan-rekannya. Mereka dipindahkan ke Surabaya dan kemudian dikawal ke garis demarkasi dekat Mojokerto dan Jombang di mana mereka menuju ke ibu kota republik di Yogyakarta. Mereka disambut dengan hangat oleh masyarakat di Yogyakarta dan sebuah acara penyambutan diadakan oleh Soekarno.
Ratulangi ditunjuk sebagai penasihat khusus untuk pemerintah Indonesia dan anggota delegasi Indonesia dalam negosiasi dengan Belanda. Dia juga mengunjungi pasukan di Jawa Timur dan menghadiri konferensi keuangan di Kaliurang. Sekitar waktu ini, dia sudah mulai mengalami masalah dengan kesehatannya.
Pada waktu Agresi Militer Belanda II, Yogyakarta dikuasai Belanda dan para pemimpin Indonesia termasuk Soekarno dan Hatta ditangkap dan diasingkan ke Bangka. Ratulangi ditangkap oleh Belanda pada tanggal 25 Desember 1948. Dia dipindahkan ke Jakarta pada tanggal 12 Januari 1949 untuk kemudian dipindahkan ke Bangka. Namun, karena masalah kesehatannya, ia diizinkan tinggal di Jakarta sebagai tahanan rumah.