Specialist Biodiversity dari Biodiversitas Gorontalo (Biota), Hanom Bashari, mengungkapkan dahulu hanya dikenal satu jenis babi rusa, namun sejak tahun 2000 beberapa subjenis telah dipisahkan.
Hingga saat ini dikenal tiga spesies babi rusa, yakni Babi Rusa Togean (Babyrousa togeanensis), Babi Rusa Sulawesi (Babyrousa celebensis), dan Babi Rusa Berambut Lebat (Babyrousa babyrussa).
Satu jenis lainnya, yakni Babyrousa bolabatuensis di Sulawesi Selatan diperkirakan sudah punah dan hanya ditemukan fosilnya.
Babi rusa jantan memiliki ciri khas sepasang taring yang melengkung ke atas, namun tidak pernah sampai menusuk bagian kepalanya.
Berdasarkan pengamatan Hanom di lapangan, Babi Rusa Sulawesi biasanya hidup berkelompok meskipun kadang-kadang juga tampak sendiri.