Setelah Batara Gowa menang, kemudian Karaeng Loe ri Sero turun ke muara Sungai Tallo dan mendirikan Kerajaan Tallo. Selama bertahun-tahun, dua kerajaan bersaudara ini tidak pernah memiliki hubungan yang baik.
Akhirnya, Raja Daeng Matanre Karaeng Tumapa’risi Kallonna dari Gowa membuat perjanjian dengan Tallo dalam kesepakatan "dua raja tetapi satu rakyat" pada 1565.
Perjanjian tersebut menyatakan, kedua kerajaan tidak boleh saling melawan. Setelah bersatu kembali, kerajaan ini disebut Kerajaan Gowa-Tallo atau Kerajaan Makassar dengan sistem pembagian kekuasaan.
Kedua kerajaan akhirnya bersatu dengan kesepakatan dua raja yaitu seorang raja yang berasal dari garis keturunan Gowa dan perdana menteri berasal dari garis Tallo.
Kerajaan Gowa-Tallo atau Kerajaan Makassar ini memeluk agama Islam pada 1605, setelah Sultan Alauddin I (I Mangarangi Daeng Manrabbia) naik takhta untuk memimpin kerajaan.