Sejak itu, kerajaan ini disebut sebagai Kesultanan Gowa-Tallo atau Kesultanan Makassar.
Kerajaan Gowa Tallo mencapai puncak kejayaannya saat berada di masa kepemimpinan Sultan Alauddin I dan Sultan Hasanuddin ( I Mallombasi Daeng Mattawang), di mana Raja Gowa ke-16 ini berhasil memajukan pendidikan dan kebudayaan Gowa Tallo.
Bahkan dia memiliki gelar pahlawan nasional dengan julukan, Ayam Jantan dari Timur yang berarti tak mudah terpengaruh oleh bangsa asing.
Sosok Sultan Hasanuddin terkenal dengan keberaniannya yang menentang keras kehadiran VOC dalam perang Makassar (1666-1669), saat itu VOC menguasai sebagian kerajaan-kerajaan kecil yang berada di Sulawesi.
Kerajaan Gowa Tallo juga menjadi salah satu pusat perdagangan terbesar di Indonesia bagian timur, di mana banyak saudagar muslim dari berbagai wilayah datang ke Gowa untuk berdagang. Sementara itu, Kerajaan Gowa sebagian masyarakatnya juga berprofesi sebagai nelayan.