Adanya kebebasan berdagang di laut lepas menjadi garis kebijakan Kerajaan Gowa Tallo pada masa pemerintahan Sultan Hasanuddin 1651-1670. Namun, VOC menentang hak tersebut dan menimbulkan perseteruan yang membuat Sultan Hasanuddin menyerang posisi Belanda di Buton.
Peperangan terus terjadi antara Kerajaan Gowa dengan VOC yang membuat kerugian cukup besar dari kedua belah pihak.
Perlawanan sengit yang terus dilakukan oleh Sultan Hasanuddin dan Karaeng Pattingalloang terhadap VOC. Pada akhirnya mereka harus menyerah setelah VOC berhasil merebut benteng utama Kesultanan Gowa-Tallo di Somba Opu pada 1669.
Sultan Hasanuddin akhirnya menandatangani Perjanjian Bongaya pada 1667 untuk mengakui kedaulatan VOC atas Maluku dan sebagian besar wilayah yang berada di Kesultanan Gowa-Tallo.
Sultan Hasanuddin mulai kehilangan pengaruhnya di Sulawesi dan turun Tahta serta mengundurkan diri dari kerajaan. Hal ini disebabkan karena Perjanjian Bongaya yang menjadi runtuhnya Kesultanan Gowa Tallo.