Pertama, Kepulauan Raja Ampat. Secara geografis, Raja Ampat dianggap sebagai jembatan yang menghubungkan Papua dengan daerah-daerah Islam di timur Indonesia. Kedua, Fakfak yang dikenal seluruh daerahnya kental dengan nuansa Islami.
Ketiga, Biak-Numfor, diketahui terdapat masyarakat asal Biak yang telah menetap di kawasan Maluku Utara secara turun-temurun. Keempat Manokwari, sebab ditemukan dokumen tertulis mengenai Islam yang mesti diteliti lebih lanjut kebenarannya.
Kelima, Jayapura, karena terdapat sejumlah nama wilayah bernuansa Islam. Beberapa di antaranya Desa Tobati, Hamadi, maupun Nafri. Tak ketinggalan Desa Gurabesi, yang diyakini diambil dari nama salah seorang panglima Sultan Tidore abad ke-15.