Pada peristiwa OPM tahun 1967-1968, keluarganya mengungsi ke rumah kakek di Manokwari. Setelah itu keluarganya sering berpindah mengikuti ayahnya yang bertugas sebagai Dandis di Ransiki, Boven Digoel pada tahun 1970an dan Kepi.
Di Kepi, Mathius Fakhiri mulai menjalani pendidikan dasar hingga SD YPK Merauke pada tahun 1981. Kemudian berpindah lagi ke Jayapura dan melanjutkan pendidikan di SMP YPPK Teruna Mulia di Argapura.
Selang enam bulan, ayahnya dimutasikan ke Wamena sehingga Mathius melanjutkan pendidikan di SMP YPPK St Thomas Wamena. Setelah lulus Mathius melanjutkan sekolahnya di SMAN 2 Jayapura.
“Selama saya sekolah selalu berjalan kaki dari rumah ke sekolah. Seperti saya SD di Merauke harus berjalan dari Pelayaran Baru menuju Ermasu, begitu juga saat SMP harus berjalan dari Bhayangkara menuju Argapura. Sama halnya saat melanjutkan SMP di Wamena, harus berjalanan dari Polres ke sekolah Santo Thomas. Saat SMA di Jayapura, saya masih harus berjalan kaki dari Bhayangkara menuju Dok 9 agar bisa sampai di sekolah,” ujar Mathius D Fakhiri dikutip dari iNewsJayapura, Sabtu (31/8/2024).
Mathius Fakhiri semasa remaja anak yang pendiam namun punya segudang prestasi dalam dunia olahraga. Semasa sekolah, dia menekuni kegiatan ekstrakurikuler atletik cabang lari. Dia cukup sukses memenangkan kejuaraan tingkat sekolah sampai nasional.