Benny Moerdani kemudian memimpin pasukan Korps Baret Merah sedangkan Kapten Soepeno memimpin pasukan Baret Hijau (Raiders 530). Namun, saat operasi baru dimulai, Benny dikejutkan dengan siaran dari radio Australia yang menyiarkan ada tiga pesawat Hercules yang menerjunkan pasukan di Merauke. Bahkan, radio tersebut menyebutkan jumlah pasukan dan nama-nama pemimpinnya termasuk Benny Moerdani. "Operasi rahasia ini bocor," kata Benny.
Dalam buku berjudul “Kopassus untuk Indonesia” Jili II diceritakan, perjalanan pasukan Naga menuju pusat pertahanan Belanda di Merauke menemui banyak rintangan. Tidak hanya alam tapi juga harus bertempur dengan Koninklijke Mariniers, pasukan elite Belanda.
Pertempuran sengit salah satunya terjadi pada 28 Juni 1962. Dua perahu motor Belanda tiba-tiba menyerang pasukan Benny Moerdani di Sungai Kumbai. Namun Benny dan pasukannya berhasil memukul mundur dua perahu motor tersebut. Sayangnya, dalam kontak senjata tersebut dua anggotanya bernama Kopral Emin dan Prada Hardjito gugur.
Sahabat dekat Benny Moerdani, Agus Hernoto, bahkan harus kehilangan kedua kakinya dalam operasi pembebasan tersebut. Agus mengalami cacat seumur hidup setelah kakinya diamputasi karena luka tembak.
Pertempuran sengit antara pasukan Naga dengan tentara Belanda di belantara hutan Papua terus terjadi. Bahkan, Belanda sempat mengumumkan untuk siapa saja yang bisa meringkus hidup atau mati Kapten Benny Moerdani akan diberi hadiah 500 gulden. Upaya penangkapan berkali-kali tidak berhasil.