Pada tahun 1993 berdasarkan Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1993, wilayah Jayapura dimekarkan menjadi dua yakni Kota dan Kabupaten Jayapura. Untuk wilayah kabupaten beribu kota di Sentani.
Sampai dengan pertengahan Juni 2001 ibu kota Kabupaten Jayapura mulai bergerak dari bibir pantai Teluk Yos Sudarso di wilayah Jayapura menuju Sentani, tepatnya di atas Gunung Paniau, bawah kaki Gunung Cycloops.
Selanjutnya pada tahun 2002, berdasarkan Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2002 tentang Pembentukan Kabupaten di Provinsi Papua, wilayah Kabupaten Jayapura dimekarkan lagi menjadi 3 (tiga) Kabupaten yaitu Kabupaten Jayapura, Sarmi dan Keerom.
Layaknya kota-kota besar di Indonesia, kendaraan bermotor pun banyak berlalu-lalang dan tidak jarang menyebabkan kemacetan panjang. Banyak bangunan gedung berdiri dan menjadikan Jayapura sebagai dunia investasi bisnis dan perdagangan.
Tidak hanya dunia bisnis, pemerintah setempat pun mengembangkan berbagai pariwisata yang menarik di Jayapura. Sebagai kota dengan sejarah yang luar biasa, Jayapura memiliki banyak daya tarik untuk dikembangkan, terutama wisata sejarah.
Berkeliling kota Jayapura tidaklah membutuhkan waktu lama. Kota yang memiliki wilayah pegunungan sekaligus lautan ini terbentang seluas 940.000 hektare.
Jayapura masih memiliki banyak sekali daya tarik bagi siapa pun yang mengunjungi kota ini. Sejak lama, Jayapura menjadi pintu gerbang Papua yang kini menjadi kota metropolitan di Indoensia Timur.