Belanda akhirnya menangkap H Salahuddin bin Talabuddin dengan tuduhan melakukan penghasutan kepada rakyat dan membuangnya ke Sawah Lunto pada tahun 1918-1923. Tetapi, ketika bebas semangatnya untuk melakukan perlawanan terhadap kolonial tetap berkobar.
H Salahuddin bin Talabuddin tahun 1938 bergabung dengan Partai Syarikat Islam Indonesia (PSII) dan terus menyuarakan perlawanan kepada kolonial Belanda hingga akhirnya ditangkap karena aktivitas politiknya yang dianggap meresahkan, yang kemudian dipenjarakan di Nusakambangan, Cilacap, Jawa Tengah. Selanjutnya dipindahkan ke Boven Digoel, Papua pada tahun 1941.
Ketika Belanda dikalahkan Jepang 1942, H Salahuddin bin Talabuddin bebas dan memutuskan kembali ke kampung halamannya di Halmahera Tengah setelah sempat menetap di Sorong, Papua selama beberapa saat.
H Salahuddin bin Talabuddin di kampung halamannya mendirikan organisasi Jamiatul Iman wal Islam yang tujuannya mempertahankan Islam dalam negara Republik Indonesia yang diproklamirkan Bung Karno dan Bung Hatta pada 17 Agustus 1945.
Oleh karena itu, Hasil Konferensi Malino bulan Juli 1946 dan Konferensi Denpasar bulan Desember 1946 yang memutuskan pembentukan Negara Indonesia Timur sebagai bagian Republik Indonesia Serikat mendapat penolakan dari H Salahuddin bin Talabuddin karena masih dikendalikan Belanda.