Masjid Wapauwe dulu bernama Masjid Jamilu. Berasal dari nama seorang pembawa Islam di tanah Maluku. Namun ada riwayat yang menyebut, penyiar agama pertama adalah Kiai Pati, ulama dari Jazirah Arab.
Masjid ini mulanya dibangun oleh Kesultanan Jailolo di Desa Wawane. Dalam perkembangannya masjid tersebut mengalami dua kali perpindahan karena berbagai alasan.
Pemindahan pertama berlangsung pada 1614 ke Desa Tahella, sekitar 6 kilometer sebelah timur Desa Wawane. Pemindahan ini tidak mengubah struktur maupun gaya asli bangunan sama sekali.