Pemindahan lokasi Masjid Wapauwe merupakan perintah dari pemuka agama setempat yang bernama Imam Rajali. Alasannya agar lokasi masjid dekat dengan pusat penyebaran Islam di Desa Tahella.
Alasan lain yang mendasari pemindahan masjid adalah kedatangan Belanda di tanah Maluku pada tahun 1580, setelah sebelumnya Portugis juga hadir pada tahun 1512.
Pemindahan kedua yakni ke Desa Kaitetu, Kecamatan Leihitu, hingga sekarang. Meski sudah dua kali dipindah dan pernah direnovasi, arsitektur masjid tidak berubah sama sekali.