3. ITS NU Pekalongan
Di Pekalongan juga ada Institut Teknologi dan Sains Nahdlatul Ulama Pekalongan (ITS NU Pekalongan). ITS NU Pekalongan beralamat di Jalan Karangdowo No. 9, Kemoren, Karangdowo, Kecamatan Kedungwuni, Pekalongan, 51173. Program studi yang ada di ITS NU Pekalongan antara lain: teknologi komputer, teknologi informasi, teknologi industri, dan fisika.
4. UIN KH Abdurrahman Wahid
UIN KH Abdurrahman Wahid merupakan salah satu perguruan tinggi negeri di Pekalongan. UIN yang sebelumnya bernama IAIN Pekalongan ini mempunyai 2 lokasi kampus. Kampus 1 UIN KH Abdurrahman Wahid beralamat di Jl. Kusuma Bangsa No. 9, Panjang Baru, Pekalongan Utara, Kota Pekalongan, 51141. Sedangkan kampus 2-nya beralamat di Jl. Pahlawan Km.5 Rowolaku Kajen Kabupaten Pekalongan 51161. UIN KH Abdurrahman Wahid memiliki 4 fakultas yaitu fakultas Tarbiyah dan ilmu keguruan (FTIK), fakultas ekonomi dan bisnis Islam (FEBI), fakultas Syariah (FASYA), dan fakultas Ushuluddin dan dakwah (FUAD). Selain itu, UIN KH Abdurrahman Wahid juga mempunyai Program Pascasarjana.
5. Politeknik PUSMANU
Politeknik PUSMANU juga beralamatkan sama dengan ITS NU Pekalongan yakni di Jalan Karangdowo No.9, Kemoren, Karangdowo, Kecamatan Kedungwuni, Pekalongan, 51173. Program Studi yang ada di Politeknik PUSMANU antara lain: D III Kriya Batik, D III Akuntansi, D III Administrasi Perkantoran.
6. Universitas Muhammadiyah Pekajangan Pekalongan
Selain terdapat perguruan tinggi yang dikelola ormas NU, di Pekalongan juga terdapat perguruan tinggi yang dikelola ormas Muhammadiyah, yaitu Universitas Muhammadiyah Pekajangan Pekalongan (UMPP). Fakultas di Universitas Muhammadiyah Pekajangan Pekalongan antara lain: Fakultas Ekonomika dan Bisnis (FEB), Fakultas Ilmu Kesehatan (Fikes), dan Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer (Fastikom) Universitas Muhammadiyah Pekajangan Pekalongan beralamat di Jl. Raya Ambokembang No. 8, Kambang Tengah, Ambokembang, Kecamatan Kedungwuni, Pekalongan, 51172.
7. Sekolah Tinggi Agama Islam Ki Ageng Pekalongan (STAIKAP)
STAIKAP merupakan salah satu perguruan tinggi swasta di Kabupaten Pekalongan beralamatkan di Jalan Simpang Tiga, Wonopringgo, Sedayu, Pegadean sedayu, Rowokembu, Wonopringgo, Pekalongan, 51181. Program Studi yang ada di STAIKAP Pekalongan yaitu: S1. Ekonomi Syariah dan S1. Manajemen Pendidikan Islam.