Nurwakhid menyatakan, genealogi Khilafatul Muslimin tidak bisa dilepaskan dari Negara Islam Indonesia (NII) karena sebagian besar tokoh kunci dalam gerakan ini adalah mantan NII.
Pendiri dan pemimpin gerakan Khilafatul Muslimin adalah Abdul Qadir Hasan Baraja, mantan anggota NII, sekaligus salah satu pendiri Pondok Pesantren Ngruki dan ikut ambil bagian dalam Majelis Mujahidin Indonesia pada 2000, walaupun memilih tidak aktif.
Terdapat beberapa parameter yang bisa dipakai dalam melihat Khilafatul Muslimin. Pertama, dari aspek ideologi sangat berbahaya karena memiliki cita-cita ideologi khilafah di Indonesia sebagaimana HTI.
"Walaupun dalam pengakuan mereka tidak bertentangan dengan Pancasila, namun ideologi mereka adalah mengkafirkan sistem yang tidak sesuai dengan pandangannya," ujar Nurwakhid.
Kedua, lanjut Nurwakhid, secara historis pendiri gerakan ini sangat dekat dengan kelompok radikal seperti NII, MMI dan memiliki rekam jejak dalam kasus terorisme. Baraja disebut telah mengalami 2 kali penahanan, pertama pada Januari 1979 dan ditahan selama 3 tahun.