Kemudian juga ditangkap dan ditahan kembali selama 13 tahun, berhubungan dengan kasus bom di Jawa Timur dan Borobudur pada awal tahun 1985. Ketiga, dampak ideologis, yakni gerakan ini memiliki cita-cita ideologi perubahan sistem sangat rentan bermetamorfosa dalam gerakan teror.
"Lihatlah kasus penangkapan NAS tersangka teroris di Bekasi yang ditemukan di kontrakannya kardus berisi Khilafatul Muslimin dan logo bordir Khilafatul Muslimin," tutur Nurwakhid.
Selain itu gerakan Khilafatul Muslimin mudah berafiliasi dengan jaringan kelompok teror seperti ISIS. Pada masa kejayaan ISIS pada 2015, Rohan Gunaratna peneliti terorisme dari Singapura menggolongkan Khilafatul Muslimin telah berbaiat kepada ISIS.