Keesokan harinya, pasukan Belanda mulai memprovokasi dengan melepaskan tembakan ke motor boat ALRI yang dipimpin Letnan Oswald Siahaan.
Provokasi ini langsung direspons ALRI Pangkalan Sibolga dibantu oleh pasukanpasukan republik dan kelaskaran dengan menyusun pertahanan pantai. Bahkan, upaya persuasif kembali dilakukan dengan mengingatkan kapal Belanda tersebut.
Pertempuran akhirnya pecah karena peringatan ini kembali diabaikan, yakni agar kapal Belanda meninggalkan Teluk Sibolga pada batas waktu pukul 10.00 WIB pada 12 Mei 1947.
Meriam-meriam dan senapan mesin pertahanan pantai ALRI membuka serangan. Beradu tembakan dengan meriam-meriam kapal perang Belanda selama enam jam yang menjadi babak utama dalam pertempuran Teluk Sibolga.
Pertempuran ini berakhir setelah Hr. Ms. Banckert meninggalkan Teluk Sibolga dan mengevakuasi awak kapalnya yang terluka menggunakan pesawat amfibi.