1. Pertempuran Selat Bali 4 April 1946
ALRI membentuk armada perahu tradisional yang membawa pasukan ekspedisi lintas laut Jawa-Bali pimpinan Kapten Markadi. Armada tersebut dibentuk pada 4 April 1946 untuk membantu perjuangan rakyat Bali melawan Belanda.
Misi dari Armada tersebut mendaratkan pasukan gabungan pejuang Indonesia di Bali. Dalam perjalanan melintasi Selat Bali, pasukan terlibat kontak senjata dengan dua kapal patroli Belanda jenis Landing Craft Mechanized (LCM).
Dalam pertempuran sengit tersebut, pasukan Markadi berhasil merusak dua kapal patroli musuh. Kapal patroli tersebut meninggalkan pertempuran dengan kondisi terbakar lalu tenggelam.
Pasukan gabungan Indonesia berhasil mendarat di pantai Bali dan menyusun kesatuan TNI setingkat resimen yang dipimpin Letnan Kolonel I Gusti Ngurah Rai.
2. Pertempuran Teluk Cirebon 5 Januari 1947
Pertempuran ini pecah berawal saat iring-iringan eskader ALRI melaksanakan latihan dengan pasukan Angkatan Darat di perairan Cirebon, 5 Januari 1947. Tiba-tiba Korvet Belanda Hr. Ms. Morotai melakukan provokasi.