Dalam kasus ini, Markus Nari ditetapkan sebagai tersangka pada 19 Juli 2017 setelah KPK mencermati sejumlah fakta persidangan yang muncul di persidangan Irman dan Sugiharto.
KPK menduga Markus Nari telah melakukan perbuatan memperkaya diri sendiri atau orang lain atau sebuah korporasi dalam pengadaan e-KTP atau KTP elektronik pada 2011-2013. Markus Nari diduga telah menerima Rp4 miliar dari mantan Dirjen Dukcapil Kemendagri Irman, yang saat ini telah berstatus narapidana.
KPK menduga penerimaan uang itu untuk memuluskan perpanjangan anggaran proyek e-KTP sebanyak Rp1,4 triliun di DPR pada 2012. Diketahui pada saat itu Markus masih menjabat sebagai anggota Komisi II DPR RI yang membidangi urusan dalam negeri, sekretariat negara, dan pemilu.
Atas perbuatannya Markus Nari disangka melanggar Pasal 2 ayat (1) atau Pasal 3 Undang-Undang Nomor 20 Tahun 2001 tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi juncto Pasal 55 ayat (1) ke-1 KUHP.