Benteng ini menjadi saksi bisu saat Pangeran Diponegoro diasingkan oleh penjajah hingga akhirnya wafat. Sebelum ditawan di Benteng Rotterdam, Pangeran Diponegoro terlebih dulu diasingkan di Manado.
Ada sebuah bangunan kecil yang ditempati Pangeran Diponegoro selama ditahan. Hingga saat ini pun, bangunan kecil tempat tinggal Pangeran Diponegoro masih terawat.
Meski diasingkan, Pangeran Diponegoro tak hanya berdiam diri. Pangeran Diponegoro mengisi hari-harinya dengan menyusun catatan tentang budaya Jawa, misalnya wayang, mitor, sejarah, dan ilmu pengetahuan.
Kini Benteng Fort Rotterdam menjadi lokasi wisata yang dapat dikunjungi saat berkunjung ke Makassar. Luas total benteng ini mencapai 2,5 hektare dengan 16 buah bangunan dengan luas 11.605,85 meter persegi.