Dia melanjutkan pendidikan di SMP Muhammadiyah Yogyakarta pada 1968, kemudian melanjutkan penidikan di Pondok Pesantren Modern Gontor, Ponorogo.
Pendidikannya di pondok pesantren tidak berlangsung lama dan keluar sebelum tamat. Emha melanjutkan studinya di SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta.
Setelah menyelesaikan sekolah, Cak Nun menempuh bangku kuliah di Fakultas Ekonomi Universitas Gadjah Mada.
Meski latar belakang pendidikan di bidang ekonomi, tak menutup minat beliau untuk mendalami dunia seni.
Cak Nun juga mendalami sastra bersama guru idolanya, seorang tokoh sufi bernama Umbu Landu Paranggi di Malioboro, Yogyakarta. Cak Nun menjadi pengasuh Ruang Sastra dan juga menekuni dunia wartawan pada 1973-1976 di Harian Masa Kini, Yogyakarta.