Pelatihan PTAL meliputi materi seputar taktik, teknik antiteror, antisabotase, dan intelijen. Selain itu, ada juga pembekalan seputar cara menembak, renang, bela diri, dan teknik penetrasi rahasia di tiga medan yakni darat, laut, udara. Tak ketinggalan, pemberian materi tentang ketahanan interogasi.
Meski berada di bawah TNI AL, para personel Denjaka dituntut bisa bertahan dan berperang di segala medan. Demi mencapai hal itu, program pelatihan yang dilakukan terbilang berat.
Jika di laut mereka menempuh latihan bertahan dengan kaki dan tangan terikat, di darat mereka juga harus mampu bertahan hidup dalam hutan selama berbulan-bulan. Terlebih, mereka tidak dibekali makanan apa pun, sehingga kemampuan bertahan sangat ditempa di sini.
Dari sisi udara, pendidikan prajurit Denjaka bukan lagi mengenai terjun tempur atau terjun payung, melainkan terjun bebas. Waktu latihan para prajurit ini tak hanya dilakukan pada siang, namun juga malam hari.
Latihan sama beratnya dilalui para personel Kopassus. Meskipun tidak harus bertahan di laut dengan tangan dan kaki terikat, serangkaian latihan berat lain harus mereka lalui. Latihan Kopassus terbagi atas tiga tahap yang berlangsung selama 20 hari, yakni dasar-dasar komando, penjelajahan dan bertahan hidup di hutan dan gunung, serta pendaratan di laut.
Salah satu latihan berat lainnya adalah pelolosan dan kamp tawanan selama sehari penuh. Para prajurit akan dilepas di wilayah rahasia di sekitar Pulau Nusakambangan, Cilacap, Jawa Tengah. Entah bagaimana caranya, mereka harus bertahan hidup dan lolos dari serangan musuh. Mereka juga tidak dibekali sesuatu untuk bertahan.
Bagi prajurit yang tertangkap musuh akan dijebloskan ke sel tahanan. Proses interogasi, bahkan penyiksaan, harus mereka lalui sampai prajurit bersedia buka mulut.