Kedudukan kepala Otorita IKN setingkat menteri, ditunjuk, diangkat dan diberhentikan oleh Presiden setelah berkonsultasi dengan DPR.
Kepala Otorita IKN dan wakil kepala Otorita IKN memegang jabatan selama lima tahun, terhitung sejak tanggal pelantikan dan sesudahnya dapat ditunjuk dan diangkat kembali dalam masa jabatan yang sama.
Selain itu disebutkan pula dalan UU IKN, kepala Otorita IKN dan atau wakil kepala Otorita IKN dapat diberhentikan sewaktu-waktu oleh presiden sebelum masa jabatan.
Mengenai tugas kepala Otorita IKN, dalam Pasal 11 ayat 1 disebutkan bahwa ketentuan mengenai struktur organisasi, tugas, wewenang dan tata kerja Otorita IKN diatur dengan Peraturan Presiden.
Dalam UU disebut, dalam rangka persiapan, pembangunan dan pemindahan IKN, serta penyelenggaraan dan Pemerintahan Daerah Khusus IKN, kekuasan Presiden sebagai pengelola keuangan negara dikuasakan kepada Kepala Otorita IKN.