Pada 2015, ia pernah menjabat sebagai Kabag PAM Roum Sekjen Kemhan.
Pada 2018, Brigjen TNI (Purn) Bonifasius Widiyanto S, SH, MH diangkat sebagai Kepala Pusat Pengembangan dan Kerjasama Bainstranas Kemhan.
Satu tahun kemudian, kariernya makin moncer dan menduduki jabatan sebagai Direktur Kebijakan Strategis DIT Jakarta Ditjen Strahan Kemhan.
Sebelum memasuki pensiun, Brigjen TNI (Purn) Bonifasius Widiyanto S, SH, MH terakhir menjabat sebagai Sekretaris Bainstranas Kemhan pada 2020.
Adapun, Bonifasius Widiyanto merupakan peraih Bintang Kartika Eka Paksi Nararya, Bintang Yudha Dharma Nararya, hingga Satyalancana Dharma Bantala.