KPK sebelumnya telah meningkatkan status temuan ketidakwajaran harta kekayaan Rafael Alun dari tingkat pemeriksaan dan klarifikasi di Kedeputian Pencegahan ke tahap penyelidikan. KPK sedang menyelidiki dan mencari unsur pidana suap dan gratifikasi terkait harta janggal Rafael Alun Trisambodo.
Nama Wahono Saputro ikut terseret dalam penyelidikan ketidakwajaran harta kekayaan Rafael Alun Trisambodo. Sebab, istri Wahono terdeteksi mempunyai saham di perusahaan yang sama dengan istri Rafael Alun. KPK mengendus adanya aliran uang janggal melalui perusahaan keluarga Rafael Alun.
"Kita lihat detailnya, ternyata ada lagi, bahwa perusahaan yang dua ini pemegang sahamnya ini selain istri RAT, ada lagi istri orang pajak juga. Kita sebut namanya saudara Wahono Saputro," kata Deputi Pencegahan dan Monitoring KPK, Pahala Nainggolan saat dikonfirmasi Rabu, 8 Maret 2023, lalu.